A missão da Secretaria é implantar políticas públicas que permitam o fortalecimento e a profissionalização da atividade agrícola no município. Mogi das Cruzes é, até hoje, considerado o "Cinturão Verde" do Estado de São Paulo. O município se destaca na produção de hortifrutigranjeiros, sendo o maior produtor nacional de produtos como
caqui, cogumelo, nêsperas orquídeas e ovos de codorna.