Três das principais estradas do Estado de São Paulo dão acesso a Mogi das Cruzes. A principal delas é a Rodovia Ayrton Senna (SP-70), que passa pelo município, onde há um trevo de ligação com a Mogi-Dutra (SP-88). Outra opção para quem vem de São Paulo, Vale do Paraíba ou Rio de Janeiro é a Rodovia Presidente Dutra (BR-116), que passa pela cidade vizinha de Arujá e tem acesso direto também pela Mogi-Dutra. Outra opção é a Rodovia Rio-Santos (SP-55). Neste caso, o acesso à cidade é feito em Bertioga, por meio da Rodovia Mogi-Bertioga (SP-98).

• SP-39

  Estrada das Varinhas (Rodovia Engenheiro Cândido Rego Chaves);
• SP-66

  Mogi-Guararema (Rodovia Henrique Eroles)
• SP-70

  Rodovia Ayrton Senna
• SP-88

  Mogi-Dutra (Rodovia Pedro Eroles) e Mogi-Salesópolis (Rodovia Prof. Alfredo Rolim de Moura)
• SP-98

  Mogi-Bertioga (Rodovia Dom Paulo Rolim Loureiro)
• SP-102

  Rodovia Prefeito Francisco Ribeiro Nogueira

Mogi das Cruzes é parte da Região Metropolitana de São Paulo, sendo servida pelas linhas intermunicipais da Empresa Metropolitana de Transportes Urbanos. Além disso, linhas diretas de ônibus intermunicipais que partem do Terminal Rodoviário Geraldo Scavone ligam a cidade a municípios importantes como São Paulo, Belo Horizonte, Rio de Janeiro, São José dos Campos e Santos. Existem ainda várias outras opções de linhas partindo do ABC, Vale do Paraíba, Região Metropolitana, litoral e estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro. Quem vem de outros estados tem como opção o Terminal Rodoviário do Tietê, em São Paulo, que tem linha direta para Mogi com mais de 40 saídas diárias.

Por meio da malha integrada de transportes, é possível chegar a Mogi vin-do de cidades como Jundiaí, Itapevi e Osasco, além de toda a região do ABC. O sistema per-mite ainda integração gratuita com o metrô.